El órgano abandonado recobró su sonoridad al cumplirse 150 años de su construcción.
El trabajo de restauración del órgano histórico de la iglesia de San Matías de Jalatlaco, Oaxaca, fué realizado por el instituto de Órganos Históricos de Oaxaca (IOHIO), bajo la supervisión de especialistas del INAH.
Erik González, responsable de la restauración indicó que para regresarle la funcionalidad al órgano, se intervino en dos etapas: la primera se atendió la estabilidad material, y la estética de la caja, en la segunda el mecanismo sonoro.
En 1889, Pedro Nibra hizo una de las reparaciones, lo que le permitió que funcionara debidamente hasta 1945, cuando José Delgado, organero de Guadalajara lo arregló nuevamente.
Fué en Jalatlaco, cuando llegó un órgano Hammond, lo que hizo que el instrumento tubular quedará en el abandono desde 1970.
